I. Oddelenie laserových technológií
I.1. Laboratórium informačných technológií
I.2. Laboratórium laserových mikrotechnológií
I.3. Laboratórium hmotnostnej spektroskopie sekundárnych iónov
I.4. Laboratórium aplikovanej optiky
I.5. Laboratórium analýzy materiálov a povrchov
I.6. Laboratórium femtosekundovej spektroskopie
II. Oddelenie biofotoniky
II.1. Laboratórium laserovej mikroskopie a spektroskopie
II.2. Laboratórium biofotoniky bunky
II.3. Laboratórium zobrazovania a vizualizácie
III. Externé pracoviská
III.1 Laboratórium aplikovanej biofyziky a farmakológie, UPJŠ Košice
III.2 Laboratórium biofotonických technológií, Fakulta prírodných vied, UCM Trnava